Управление образовательной организацией ГБПОУ "Сахалинский политехнический центр №5" осуществляется в соответствии с законодательством Российской Федерации, Сахалинской области, договором с учредителем и Уставом на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности.

Единоличным исполнительным органом образовательной организации является директор, который осуществляет текущее руководство деятельностью.

В образовательной организации сформированы и действуют коллегиальные органы управления: Общее собрание, Совет Учреждения, Педагогический Совет, Методический совет, Совет профилактики, Совет общежития. Все формы коллегиального управления осуществляют свою деятельность на основании Положений об их деятельности.

Образовательная организация имеет в своей структуре различные структурные подразделения, обеспечивающие осуществление образовательной деятельности с учетом уровня, вида и направленности реализуемых образовательных программ, формы обучения и режимы прибывания студентов (очное и заочное отделение, отделение профессиональной подготовки).

В образовательной организации созданы и действуют три методических объединения: преподавателей общеобразовательного цикла, мастеров производственного обучения и преподавателей профессионального цикла, педагогов воспитательного процесса.